Najčastejšou chybou, ktorej sa používatelia pri používaní skriptov Script-Fu dopúšťajú je, že otvoria skript a jednoducho stlačia tlačidlo OK. Keď sa nič nedeje, používatelia si to vysvetlia tým, že skript je poškodený. Vo väčšine prípadov však skript poškodený nie je.